科研设计是对科研活动开展的全过程的设计，是确保科研质量的关键环节。临床科研选题途径有投标、接受委托和从自己的临床实践中自选题目，不论是哪种方式，在实施过程中都应注重下面的具体措施。
1. 发挥优势、扬长避短全国科技体制改革后，竞争体制引入科技管理。国家攻关项目、部门重点科研项目和基金项目，都是通过面向社会公开招标的方式落实。在这种情况下，所选择的科研课题必须有较强的竞争力才能中标，从而得到科研经费的资助。为提高竞争力最重要的办法是善于发现自己的特长，努力发挥优势，扬长避短，形成“拳头”课题。各地、各部门情况不同，科技人员素质也不一致，总之都各有自己的优点。在全国或全省，如果把各方面的优势都集中起来，肯定会形成很强的科研力量。就单位而言，如能组合各科室的优势，进行课题协作，也会形成强有力的科研队伍。
2. 充分利用、人力物力临床医学选择课题，要遵循卫生事业及经济建设同步前进、协调发展的原则，不能超出经济力量所允许的限度。我国卫生事业经费一般占国家财政支出的 2 6% ，而医学方面的科研经费仅占卫生事业费的 3% 左右，远远低于发达国家的水平。由于我国国民经济总产值较低，因此用于医学研究经费绝对值与发达国家相比更为悬殊。而且近几年内不可能有较大幅度的增加，在这种情况下，选择和确定科研课题，绝对不能把课题搞得太大，内容太分散;必须集中使用人力、物力、财力，确保出成果、出人才。
3. 应用研究为主、加强开发研究 临床医学是属于应用性很强的一门科学，这就注定了医药卫生科学技术必须以应用研究为主。基础研究特别是应用基础研究，是应用研究的科学依据，没有相当的基础研究力量和成果，应用研究也很难有较大的突破。因此在高等院校中，在以应用研究为主的同时还必须加强基础科研研究，要有所为、有所不为。
随着科技体制的改革，科技开发越来越得到科技人员和科研管理人员的重视。今后还需加强开发研究，推广应用科研成果，特别是省市以下科研机构，主要应当搞好成果推广应用和开发研究。从全国来讲，科研课题经费比例卫生部要求基础研究占 15%/20% ，应用研究占 65%/75% ，开发研究占 10%/15% 。