研究背景：

长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)是一类不编码蛋白的RNA分子，长度在200 bp以上，起初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能；近期的研究表明lncRNA具有保守的二级结构，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控，尤其在肿瘤当中发挥了重要的调控角色，如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调解以及作为miRNA的诱导分子干扰基因的表达等，图1所示。随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncRNA被注释，但是绝大多数的lncRNA的功能仍然不清楚，因此lncRNA的研究是一片非常广阔的未知领域，具有极大的研究价值和意义。

图1. lncRNA参与肿瘤生物学调控，红色线状图表示lncRNA。 A.染色质重组 B.转录激活和抑制 C.蛋白抑制 D.转录后修饰 E.诱导分子  

研究思路：

差异lncRNA筛选的研究方法：

案例解读：

案例(一)RNA seq发现lincRNA 
 

1.  2011年，Rinn研究小组对24种组织样本进行RNA测序发现了8000多个人的lincRNA

图2. A.利用RNA-seq预测lincRNA的流程图  B.多个参考数据库找到的lincRNA的数量及交集及用软件组装的结果

2.  lincRNA的表达具有组织特异性

图3. lincRNA和mRNA在不同组织当中的表达情况

案例(二)lncRNA可以成为各种肿瘤的生物标志物 
 

2012斯坦福大学医学院研究人员进行首个大型的癌症lncRNA表达谱分析。对64个肿瘤样品高通量测序，在各种肿瘤类型之间找出差异表达的1065个已知的以及1072新的lncRNA。

图4.肿瘤和对照样品lncRNA表达谱分析

案例(三)lncRNA表达谱芯片结合lncRNA-mRNA共表达网络筛选关键lncRNA 
 

第二军医大学的研究人员利用2/3肝部分切除(PH)小鼠在不同的时间点，针对肝脏再生过程进行了全基因组lncRNA芯片表达谱分析。通过lncRNA和mRNA共表达网络分析找到了一个非常有意义的长链非编码RNA(lncRNA-LALR1)，并结合体内外实验证实在肝再生过程中lncRNA-LALR1通过激活Wnt/β-Catenin信号加速细胞周期进程，促进了肝细胞增殖。因此采用药物干预靶向lncRNA-LALR1诱导肝脏再生，有可能有益于肝衰竭和肝移植治疗。

1.  表达谱芯片检测肝脏生长相关的lncRNA
 

图5. 表达谱芯片聚类分析小鼠肝脏2/3切除后 0，1.5，12和24小时1231个lncRNA和3141个mRNA表达谱

 来源：丁香通