目的：建立基于高通量测序技术的实验动物沙门氏菌检测方法，应用于实验动物沙门氏菌的检测。

方法：提取小鼠粪便DNA样本，分别针对16S rDNA区域、23S rDNA区域、16S～23S rDNA IS、23S～5S rDNA IS、gyrB优选区域设计通用引物，对各个引物进行测试分析，优化扩增条件并建库，利用Illumina高通量测序技术检测区分42个样本中的沙门氏菌，评价该方法的特异性和稳定性。

结果：筛选发现沙门氏菌的菌种分类优选区域为gyrB基因，gyrB基因引物序列为FP5’-AACCACCGCAATCAGACCTT3’，FP5’-AGCCACGAAACCTTCACYA-3’。对引物进行优化，确定最佳扩增条件及样品上样量并正式建库，通过高通量测序和序列分析能检测出42个样品中极微量的沙门氏菌，检测方法稳定，灵敏度高，检测限可达0～102的cfu。

结论：本实验利用高通量测序技术，建立了一套完整检测实验动物沙门氏菌的生物体系，能检测出实验动物体内极微量的沙门氏菌，检测方法稳定性好，灵敏度高，可沿用至其他种类病原微生物的检测。