本人刚开始做实验，向诸位请教一个问题。我要做一个蛋白的IP,520个AA，58/55kDa，查文献都是用标签FLAG的抗体做的，但现在没有这个标签的真核表达载体，想直接转染后用目的蛋白的抗体做，不知道可不可以？还有就是，什么时候用标签，什么时候可以不用？标签的选择有没有要求？请大家不吝指教！

问题：看的文献上都是用含标签的目的蛋白基因的载体转染细胞，然后做IP，我想，是不是目的蛋白的抗体不适合做IP，所以转染时需要加个标签，以便用标签蛋白抗体将目的蛋白沉淀下来？如果能直接用目的蛋白的抗体，那正是我所期望的，试验简单啊。

回答：

1、做Co－IP时是否选用Tag的抗体不是主要的，重要的是你用的抗体是否可以做IP以及IP的效果如何。所以说，如果你目标蛋白的抗体可以用于IP，且效果好，就不需要顾及Tag的问题。单就Co-IP或IP而言，goat抗体最好，mouse次之，rabbit不是太好，这里好坏的重要标准之一是Western blot时重轻链信号的干扰问题.

2、抗体能用就不需要标签。

3、这个没有标准答案，只有做了才知道。理论上都是可行的，实际上也都是可做的，但有时候因为有些内源性蛋白质表达水平很低，做起来比较困难。而transfection则可以根据意愿是蛋白浓度尽可能高些，这样做起来容易。还有，不知道你做IP的目的是什么，如果是研究蛋白间的相互作用，也可以考虑其他手段，如GST-pulldown assay等。

此文转载：丁香通