一种简单有效的降低 RNA 3'端异质性的转录方法

      在 2 个 5'端的核苷酸进行核糖基 C2'-甲氧基修饰。用修饰过的引物 PCR 扩增得到的 DNA 仍可降低 N+l 活性,由于 PCR 可以产生几个 kb 的长模板,因此可以制备少异质性的 RNA


实验材料

       8umol L 顶链   8umol L 底链   5'末端2 个核苻酸进行甲氧基修饰


试剂、试剂盒

       20X 缓冲液   NTP 混合物   lmol LNaOH   聚乙二醇 8000   0.5mol LMgCl2   1mol L 谷氨酸钠   T7RNA 聚合酶   载样缓冲液


实验步骤

一材料与设备

      1)8umol/L 顶链

      2)8umol/L 底链,5'末端 2 个核苻酸进行甲氧基修饰

      3)20X 缓冲液:800 mmol/LNaCl.20 mmol/L 精胺,100 mmol/LDTT,0.2%TritonX-100(pH8.l)

      4)NTP 混合物,各 80mol/L, 用 1mol/LNaOH 调 PH8.1

      5)lmol/LNaOH。

      6) 聚乙二醇 8000,400 mg/ml。

      7)0.5mol/LMgCl2

      8)1mol/L 谷氨酸钠 (pH8.l)

      9)T7 RNA 聚合酶。

      10) 载样缓冲液:8mol/L 尿素,lmmol/LEDTA,0,1% 一甲苯青 FF,0.1% 溴酚蓝


二、操作方法

1) 在灭菌微量离心管中混合下列物质:

      8umol/L 顶链 (终浓度 400nmol/L)                             1ul

      8umol/L 底链(5'端 2 个核苷                                 1ul

      酸甲氧基修饰,终浓度 400nmol/L)

      20X 缓冲液                                                              2ul

      NTP 混合物                                                            2ul

      聚乙二醇 8000                                                        5ul

      0.5mol/LMgCl                                                   1.12ul

      1mol/L 谷氨酸钠                                                     1ul

      T7RNA 聚合酶                                                        1ul

      加无核酸酶的水至总体积为                                    20ul

      2) 于 37℃ 反应 lh。

      3) 加载样液,变件聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化回收,保存于一 20℃


注意事项

       1) 标准体系是 20ul 但每种成分可按比例放大体系,以增加转录物的量

       2) 一般来说,NTP 的摩尔数与 Mg2+的庠尔数比例为 1:1.75, 但此比例可能需要优化。

       3)对于某些模板,谷氨酸钠可以提尚转录产物的回收率。


此文转载:丁香通

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