在研究DNA样品中的突变时，确定新的序列变化到底是体细胞突变，还是生殖细胞系的多态性，这似乎是件挺困难的事。最近，西班牙纳瓦拉大学（University of Navarra）的研究人员介绍了一种非常简单的方法，可在没有配对组织样品时鉴定DNA样品中的体细胞突变。

      体细胞突变，以及其他的遗传和表观遗传畸变，对癌症的发展很重要。这些突变可通过各种机制在正常细胞中产生，它们带来一些增殖优势，最终形成肿瘤克隆。新突变的鉴定是癌症研究中重要的一部分，有助于开发新的诊断和治疗方法。

      如今，鉴定体细胞突变的金标准方法是使用同一个体的另一种组织进行比较分析。遗憾的是，研究人员并不总能获得这种配对的组织样品。在这种情况下，人们往往从健康对照或数据库中寻找新发现的序列变化，或估计新的序列变化相对正常序列的比例。然而，这些方法可能导致非常罕见的多态性被错误地判定为体细胞突变。

      为此，纳瓦拉大学生物化学和遗传学系的研究人员开发出一种新方法，来评估这些新变异的性质。对于这种方法，他们需要在序列变异的附近有一个已知的多态性，以便鉴定两个等位基因。利用这种多态性作为参考，他们能够检查新变异是存在于一个等位基因的所有拷贝中，还是仅仅存在于一些拷贝中。此外，这种方法也能检测杂合性丢失（LOH）事件。

      据研究人员介绍，这种方法是否适合，取决于杂合参考多态性和序列变异之间的距离；距离越长，则两个变异之间发生重组的概率就越高。重组将导致体细胞变化存在于两个等位基因上，而不仅仅是它出现的那个等位基因。

在实验过程中，首先必须扩增包含新变异和参考多态性的DNA片段。考虑到人类基因组中的多态性数量，预计每300-350个核苷酸中存在一个。扩增之后，将产生的扩增子克隆到合适的质粒上。分离后的克隆将携带参考多态性的一个等位基因以及野生型或新变异。接着对这些质粒进行测序，如果新的序列变异存在于每个克隆中，则视为生殖细胞系变异，如果仅仅存在于部分克隆中，则为体细胞突变。

                                                （图片来自BioTechniques）

      利用这种方法，研究人员将两个新的序列变异归为生殖细胞系的多态性，即CSF2RA中的p.P166S和IL3RA的p.W226X。此外，通过这种方法，他们还成功检测到患者体内的LOH事件。

此文转载来源：生物通